Rada Główna uważa, że projekt jest niedopracowany: być może cel zostanie częściowo osiągnięty, niemniej odbędzie się to nieproporcjonalnie dużym kosztem rozwoju szkolnictwa wyższego oraz umiędzynarodowienia polskich uczelni i instytutów badawczych. Co więcej, projekt w wielu aspektach uruchamia niepotrzebną machinę biurokratyczną, nie uszczelniając jednocześnie granic, dlatego w obecnym kształcie Rada Główna opiniuje go negatywnie - przekazał w liście prof. Marcin Pałys, przewodniczący Rady Głównej Nauki i Szkolnictwa Wyższego.
RGNiSW negatywnie zaopiniowała propozycję przypisania Narodowej Agencji Wymiany Akademickiej roli „organu właściwego w sprawach o uznanie świadectwa w zakresie dotyczącym wykształcenia średniego oraz uprawnienia do ubiegania się o przyjęcie na studia wyższe” (Art. 1., Art.7.). Zdaniem instytucji należy przeprowadzić analizę, czy obecne zasoby kadrowe w kuratoriach pozwalają na sprawne procedowanie dokumentów na dużą skalę i ewentualnie wesprzeć te jednostki, które zatrudniają niedostateczną liczbę pracowników.
Instytucja bardzo krytycznie odniosła się do propozycji przejęcia przez NAWA procesu nostryfikacji dyplomów 1 i 2 stopnia. Jej zdaniem NAWA nie posiada wystarczającego zespołu ekspertów, co nie wyklucza roli NAWA jako instytucji doradczej, tak jak ma to miejsce obecnie.